Ancien élève de l’École normale supérieure, agrégé de mécanique, titulaire d’un PHD en intelligence artificielle et ingénierie mécanique de l’Université de Delft, Jean-Christophe Protais commence son parcours professionnel comme directeur général du groupe Qualiconsult. Il est ensuite appelé par le groupe Apave, qui lui confie le rôle de directeur général adjoint puis de directeur général exécutif et CEO. Il rejoint après cette expérience la filiale ENDEL du groupe Engie. Il crée alors sa société de conseil en investissement JCA Partners.
En 2022, il participe à la création du Syndicat interprofessionnel du diagnostic immobilier, de l’analyse et de la numérisation de l’existant (SiDIANE), qu’il préside depuis l’origine.